修論発表もやっとこさ全部終了。
あとは論文の訂正とかサンプル整理とかだけ。
で、修論書いてる時とかにいろいろなフリーソフトを使ってここのブログに乗せようと思ってたけどあんまり時間的＆気分的余裕がなくてずっと放置してました。
今はもう時間も気分にも余裕があるのでちょくちょく紹介していく予定です。
まずはPDF作製ツールについて。
まあ、修論とかをWordのドキュメントファイルで残しておくのもいいんだけど、
ちょっと気取ったりその他の理由なんかでPDFファイルを作っておきたいな、てな気分になったりしました。
有名なAdobe PDFWriterとかは高価だから嫌だし、このブログではフリーソフトがメインなので当然フリーソフトを探しました。
いろんなフリーソフトが出てるみたいだけど、僕が利用したものだけを載せておきます。
【Cute PDF Writer】
DLサイト：http://www.altech-ads.com/product/10000305.htm
紹介サイト：http://www.forest.impress.co.jp/article/2006/06/09/cutepdfwriter.html
インストールするとプリンタの項目に「Cute PDF Writer」が追加されます。
これを選択してWordファイルとかを印刷すると、その文書がPDFファイルとして作製されます。
パスワードとかによる印刷の制限とかの特殊機能は付加できないけれど、
その辺こだわらなかったらちゃちゃっと作製できてとても便利だと思います。
【iTextFront】
PDFファイルの、各ページから必要なページだけを選択して取り出せる、
他のPDFファイルと結合させて１つのPDFファイルとして新たに作製できるとゆう優れものです。
作者ページ：http://www.ujihara.jp/iTextFront/ja/
紹介ページ：http://www.rururubu.com/info/frsoft/itexf/001/index.htm
Vectorのページ：http://www.vector.co.jp/soft/win95/writing/se258136.html
ただ、作者が自身のページで言ってるように、いくつかバグがあるけど今後修正する予定はないんだそうです。
同じような機能を持つ「ConcatPDF」ってのを使うよう薦めているみたいです。
けど僕は使ったことがないです。
間違いを訂正した修論のPDF作製に使ってみようかな？
あと、ここのページでPDF関連のいろんなツールが紹介されています。
この中で特に、「PDF OutLineMaker」と「PDF Cleaner」に注目しています。
近いうちに利用してみて、またここで紹介しようと思います。
2008年1月1日火曜日
Ref for windiws
修論で参照文献の引用リストを簡単に作成してくれるソフト使いたいな、と思って
いろいろ調べた末にたどり着いたフリーソフトが「Ref for windiws」
有料の「EndNote」ほどの使いやすさはなくやや煩雑のようですが、
フリーってことを考えたらとてもすばらしいソフトだと思います。
できることは
・文献管理（データベースの作成＆検索読込み）
・ネット使ってPubMedからデータベースへの登録を簡単にできる
・各文献と手持ちのpdfファイルをリンクさせられる
・wordの文章にリファレンス＆巻末のリファレンスリストを作成できる
とかです。
PubMedからの読込みは、
著者名、タイトル、年、雑誌名、巻・ページ、アブストラクト
なんかが読み込まれます。
ではまた例によって、後々のために使い方をメモっておきます。
○ダウンロード＆インストール
作者のサイト 左側のフレームにある「ダウンロード」からいって下さい。
または
Vectorのページ
ダウンロードしたらあとはセットアップファイルを起動させて指示されるまま、
ほとんど「O.K.」で進んでいきましょう。
１．PubMedにアクセスして自動的にデータベースを作成
Ref for windowsを立ち上げたらまずは真っグレーな画面になってますよね。
左上の「ファイル」から「文献ファイルの作成」を選択します。
すると「文献ファイルの作成」っていうwindowが出てきます。
ここでは今から作るファイルの名前をつけてやります。
ネーミングは自由に。
そしたらなんかwindowが出てきます。
「1レコードのサイズ」は「2048bytes」にしときましょう。
理由はわからないけど、どっかの紹介ページでそう書いてあったのを見た記憶があるので。
すると今度は画面が白くなります。
白紙のデータベースが出来たわけです。
次にいよいよPubMedから文献を読み込みます。
左上の「ファイル」から「インポート」を選択。
そしたら次の写真のよーなwidowsが出ます。
「インポートの形式」は「直接ダウンロード」を、
「チェック方式」はとりあえず今回は「連続表示」を選択します。
んで次に出てくるのがこの画面
「PubMedで～」ってのを選択して「実行」
すると次の画面で検索したいキーワードを記入してくれ、とせがまれます。
今回は「cat dog virus enzyme」と記入してみました。
するとPubMedでこのキーワードを検索して何件ヒットしたかを知らせてくれます。
ヒット件数に納得したら「次へ」をクリック。
すると仮読込みのようなことを始めます。
読み込み終わったらこんな画面が出てきます。
「開始」をクリックすると本読込みが始まってPC内にデータが記録されます。
これでPubMedからの読込みが完了しました。
読み込んだデータの一覧のうち、気になったものをダブルクリックするとその詳細が表示されます。
いろいろ書いてありますが、このデータベース特有の「ＩＤ番号」も付いています。
なので、手持ちの印刷した論文にもこのＩＤ番号を付箋しておくと何かと便利かもしれません。
ちなみに、
先ほど「チェック方式」で「連続表示」
としていたのを「一件ごとチェック」とすると、検索してヒットしてきた文献を１件ずつ調べて、PCに登録するかしないかを「採用」「不採用」でチェックしていくことができます。
２．登録した文献データから必要な文献を検索する
データベースなんで、検索ワードにヒットするものを抽出してくることもできます。
画面上の「検索」から「検索」を選択します。
次に出てきた画面で検索したいキーワードを入れましょう。
そしたら登録してある文献データのうち、検索ワードを含むものだけが抽出され、
そのヒットした件数が表示されます。
「一覧表示」をクリックして一覧を表示。
このうち気になったものをダブルクリックすると全データの一覧のうち、
今ダブルクリックしたものが色づけされます。
これをまたダブルクリックしてやると詳細が見れます。
３．各文献データと手持ちのpdfファイルをリンク
読み込んだ文献データと、PC内に保存してあるpdfファイルをリンクさせることができます。
これをすると、例えば
「キーワードは覚えているけどどの論文だったか忘れた…」
なんて時に「Ref for windows」でキーワード検索してヒットしてきた結果からすぐに
pdfファイルを開いて本文が読めるようになります。
まず、リンクさせたいデータをダブルクリックして詳細表示の画面にします。
次に「ツール」→「リンク」で下のような画面になります。
ここで「ファイル参照」をクリックして、リンクさせたいpdfファイルを選択します。
選択したら「登録」をクリック。
すると「・・・～新規作成しますか？」と聞かれるので、しますと答えます。
そしたら一番上の「定義されたファイル」に新しく何か記入されました。
これをダブルクリックすると先ほどのpdfファイルが読み込まれ論文が読めるようになります。
当然、Adobe Readerが必要です。
ちなみに、リンクさせられるファイルはpdfに限らないようで、
画像ファイルやテキストファイルやなんでもできるっぽいです。
てことは、論文の文献データベースとしての使い方以外にもたくさん用途がありそうですね。
・・・例えば、各条件における結果の画像ファイルのためのデータベースとか。
４．word文章に引用文献リストを作成する
データベースを作るだけなら他にもいろいろソフトはあると思うんですが、
word文章にリストを書き込むのはなかなかないんじゃなかろーか。
その辺カバーしてる「ref for windows」はなかなかのスグレモノ。
ただ、ちょっとばかし手順がめんどいです・・・
まずはwordの文章を書きましょう。
で、例えば「ここでこの論文を引用した！」てな箇所があるとします。
「ref for windows」でその論文の詳細ページを開きます。
このページの上にある「選択」から「番号書き込みの書式」を選択します。
するとこんな画面になります。
「クリップボードに書き込む書式を設定します」と書いてある項目はどれを選んでもいいです。
今回は「IDのみ」を選択して「OK」します。
再度また、ページ上の「選択」を選んで今度は「番号書き込み」をクリックします。
これで引用したい論文のID番号がコピーされました。
で、さきほどのword文章に戻ります。
引用した所に「貼り付け」をするとID番号が「#..」としてナンバリングされます。
この状態で文章ファイルを保存します。
が、
ここで注意事項
保存するファイルは「リッチテキストファイル形式」を選択して下さい
普段何も気にせず使う「.doc」ファイルだとうまくいきません。
「.rtf」を選択です。
で、rtfファイルで保存したら一度wordを閉じます。
「Ref for windows」のデータ一覧のページで、上にある「ツール」から「引用文献リスト作成」を選択します。
そしたらこんな画面になります。
ここからはリストの作成方法を決定するところなので各自の好みや状況に応じて様々なパターンとなります。
なので実際いろいろ試すのがいいんですが、とりあえず今回のパターンでやっていきます。
右上にある「書式ファイル」てやつをクリックします。
次の画面で選択肢が２つ「Vancouver Stlye」と「EndNote Export」とがあります。
「Vancouver Stlye」を選択して読み込み。
先ほどの画面に戻るんで、今度は「文献の整理」を「おこなわない」にチェック入れます。
これで「OK」クリック。
次に、どの「.rtf」ファイルを読み込むかを選択します。
先ほど作った、ID番号を貼り付けたrtfファイルを選びましょう。
次に出てくる画面はとりあえず「実行」
その次の画面ではフォントの設定をします。
好みや状況に応じて。
で、「OK」すると新しく「.rtf」ファイルが出来ています。
大元として読み込んだ「.rtf」ファイルの名前最後尾に「～2」とついているかと思います。
そのファイルをwordで読み込むとリストが出来てますね。
さてさて・・・
しかしまあ、ここまでついてこれているでしょーか？笑
いろいろとめんどくさいこと多くって、PC操作苦手な人は毛嫌いしそうですね。
しかしまだ、使いにくい箇所はあります。
リストはこまめに作成できない。
ID番号「#..」だけが記されたファイルは下書き、一度リスト作成したファイルは清書で、
その清書ファイルにさらにID番号「#..」をつけてリスト作成すると、リストの番号は続き番号にならずにまた「１」から始まってしまいます。
一見は百聞にしかず、一度お試しあれ。
なんだかこの使い方ページ書いててすんごい疲れてきたのでとりあえずここまで・・・
もっと別な機能や詳細は作者ページを参照あれ。
いろいろ調べた末にたどり着いたフリーソフトが「Ref for windiws」
有料の「EndNote」ほどの使いやすさはなくやや煩雑のようですが、
フリーってことを考えたらとてもすばらしいソフトだと思います。
できることは
・文献管理（データベースの作成＆検索読込み）
・ネット使ってPubMedからデータベースへの登録を簡単にできる
・各文献と手持ちのpdfファイルをリンクさせられる
・wordの文章にリファレンス＆巻末のリファレンスリストを作成できる
とかです。
PubMedからの読込みは、
著者名、タイトル、年、雑誌名、巻・ページ、アブストラクト
なんかが読み込まれます。
ではまた例によって、後々のために使い方をメモっておきます。
○ダウンロード＆インストール
作者のサイト 左側のフレームにある「ダウンロード」からいって下さい。
または
Vectorのページ
ダウンロードしたらあとはセットアップファイルを起動させて指示されるまま、
ほとんど「O.K.」で進んでいきましょう。
１．PubMedにアクセスして自動的にデータベースを作成
Ref for windowsを立ち上げたらまずは真っグレーな画面になってますよね。
左上の「ファイル」から「文献ファイルの作成」を選択します。
すると「文献ファイルの作成」っていうwindowが出てきます。
ここでは今から作るファイルの名前をつけてやります。
ネーミングは自由に。
そしたらなんかwindowが出てきます。
「1レコードのサイズ」は「2048bytes」にしときましょう。
理由はわからないけど、どっかの紹介ページでそう書いてあったのを見た記憶があるので。
すると今度は画面が白くなります。
白紙のデータベースが出来たわけです。
次にいよいよPubMedから文献を読み込みます。
左上の「ファイル」から「インポート」を選択。
そしたら次の写真のよーなwidowsが出ます。
「インポートの形式」は「直接ダウンロード」を、
「チェック方式」はとりあえず今回は「連続表示」を選択します。
んで次に出てくるのがこの画面
「PubMedで～」ってのを選択して「実行」
すると次の画面で検索したいキーワードを記入してくれ、とせがまれます。
今回は「cat dog virus enzyme」と記入してみました。
するとPubMedでこのキーワードを検索して何件ヒットしたかを知らせてくれます。
ヒット件数に納得したら「次へ」をクリック。
すると仮読込みのようなことを始めます。
読み込み終わったらこんな画面が出てきます。
「開始」をクリックすると本読込みが始まってPC内にデータが記録されます。
これでPubMedからの読込みが完了しました。
読み込んだデータの一覧のうち、気になったものをダブルクリックするとその詳細が表示されます。
いろいろ書いてありますが、このデータベース特有の「ＩＤ番号」も付いています。
なので、手持ちの印刷した論文にもこのＩＤ番号を付箋しておくと何かと便利かもしれません。
ちなみに、
先ほど「チェック方式」で「連続表示」
としていたのを「一件ごとチェック」とすると、検索してヒットしてきた文献を１件ずつ調べて、PCに登録するかしないかを「採用」「不採用」でチェックしていくことができます。
２．登録した文献データから必要な文献を検索する
データベースなんで、検索ワードにヒットするものを抽出してくることもできます。
画面上の「検索」から「検索」を選択します。
次に出てきた画面で検索したいキーワードを入れましょう。
そしたら登録してある文献データのうち、検索ワードを含むものだけが抽出され、
そのヒットした件数が表示されます。
「一覧表示」をクリックして一覧を表示。
このうち気になったものをダブルクリックすると全データの一覧のうち、
今ダブルクリックしたものが色づけされます。
これをまたダブルクリックしてやると詳細が見れます。
３．各文献データと手持ちのpdfファイルをリンク
読み込んだ文献データと、PC内に保存してあるpdfファイルをリンクさせることができます。
これをすると、例えば
「キーワードは覚えているけどどの論文だったか忘れた…」
なんて時に「Ref for windows」でキーワード検索してヒットしてきた結果からすぐに
pdfファイルを開いて本文が読めるようになります。
まず、リンクさせたいデータをダブルクリックして詳細表示の画面にします。
次に「ツール」→「リンク」で下のような画面になります。
ここで「ファイル参照」をクリックして、リンクさせたいpdfファイルを選択します。
選択したら「登録」をクリック。
すると「・・・～新規作成しますか？」と聞かれるので、しますと答えます。
そしたら一番上の「定義されたファイル」に新しく何か記入されました。
これをダブルクリックすると先ほどのpdfファイルが読み込まれ論文が読めるようになります。
当然、Adobe Readerが必要です。
ちなみに、リンクさせられるファイルはpdfに限らないようで、
画像ファイルやテキストファイルやなんでもできるっぽいです。
てことは、論文の文献データベースとしての使い方以外にもたくさん用途がありそうですね。
・・・例えば、各条件における結果の画像ファイルのためのデータベースとか。
４．word文章に引用文献リストを作成する
データベースを作るだけなら他にもいろいろソフトはあると思うんですが、
word文章にリストを書き込むのはなかなかないんじゃなかろーか。
その辺カバーしてる「ref for windows」はなかなかのスグレモノ。
ただ、ちょっとばかし手順がめんどいです・・・
まずはwordの文章を書きましょう。
で、例えば「ここでこの論文を引用した！」てな箇所があるとします。
「ref for windows」でその論文の詳細ページを開きます。
このページの上にある「選択」から「番号書き込みの書式」を選択します。
するとこんな画面になります。
「クリップボードに書き込む書式を設定します」と書いてある項目はどれを選んでもいいです。
今回は「IDのみ」を選択して「OK」します。
再度また、ページ上の「選択」を選んで今度は「番号書き込み」をクリックします。
これで引用したい論文のID番号がコピーされました。
で、さきほどのword文章に戻ります。
引用した所に「貼り付け」をするとID番号が「#..」としてナンバリングされます。
この状態で文章ファイルを保存します。
が、
ここで注意事項
保存するファイルは「リッチテキストファイル形式」を選択して下さい
普段何も気にせず使う「.doc」ファイルだとうまくいきません。
「.rtf」を選択です。
で、rtfファイルで保存したら一度wordを閉じます。
「Ref for windows」のデータ一覧のページで、上にある「ツール」から「引用文献リスト作成」を選択します。
そしたらこんな画面になります。
ここからはリストの作成方法を決定するところなので各自の好みや状況に応じて様々なパターンとなります。
なので実際いろいろ試すのがいいんですが、とりあえず今回のパターンでやっていきます。
右上にある「書式ファイル」てやつをクリックします。
次の画面で選択肢が２つ「Vancouver Stlye」と「EndNote Export」とがあります。
「Vancouver Stlye」を選択して読み込み。
先ほどの画面に戻るんで、今度は「文献の整理」を「おこなわない」にチェック入れます。
これで「OK」クリック。
次に、どの「.rtf」ファイルを読み込むかを選択します。
先ほど作った、ID番号を貼り付けたrtfファイルを選びましょう。
次に出てくる画面はとりあえず「実行」
その次の画面ではフォントの設定をします。
好みや状況に応じて。
で、「OK」すると新しく「.rtf」ファイルが出来ています。
大元として読み込んだ「.rtf」ファイルの名前最後尾に「～2」とついているかと思います。
そのファイルをwordで読み込むとリストが出来てますね。
さてさて・・・
しかしまあ、ここまでついてこれているでしょーか？笑
いろいろとめんどくさいこと多くって、PC操作苦手な人は毛嫌いしそうですね。
しかしまだ、使いにくい箇所はあります。
リストはこまめに作成できない。
ID番号「#..」だけが記されたファイルは下書き、一度リスト作成したファイルは清書で、
その清書ファイルにさらにID番号「#..」をつけてリスト作成すると、リストの番号は続き番号にならずにまた「１」から始まってしまいます。
一見は百聞にしかず、一度お試しあれ。
なんだかこの使い方ページ書いててすんごい疲れてきたのでとりあえずここまで・・・
もっと別な機能や詳細は作者ページを参照あれ。
2007年12月22日土曜日
BioEdit
修論で、新たに構築したコンストラクトのプラスミドマップを書きたくてGeneticsを使ってみたけど、いまいち思い通りにできない・・・
そこで他に何か、うまいことプラスミドマップ書けるフリーソフトが無いもんかと探して見つけたのが「BioEdit」
操作性で若干難があってとっつきにくいけれど、それさえ気にしなかったらとても良い絵が描けるので気に入りました。
本当はDANやアミノ酸の配列アライメントとか系統樹作成に使うのが主らしく、プラスミドマップ作成はおまけ(?)的な感じらしい。
とりあえずBioEditを使って下のようなマップが描けました。
ただ、本来ダウンロード できるはずのページがリンク切れになっている（orつながりにくい）らしく、入手は困難かも？
僕は昔、あまり深く考えずにインストールしていたらしく、改めてダウンロードする必要なかったんですが。
公式ページ？http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
このページは僕が試した時はつながりませんでした。
で、とある記事にて見つけたURLだと入手できそうです。
http://ftp.knit.kagoshima-u.ac.jp/pub/Win/science/BioEdit/
そんなわけで入手できたら、今後のための覚書としてプラスミドマップの書き方を記していこうと思います。
ダウンロード＆起動
http://ftp.knit.kagoshima-u.ac.jp/pub/Win/science/BioEdit/
で「BioEdit_704.zip」をダウンロードして、圧縮ファイル「.zip」を解凍します。
解凍したら 「setup.exe」をダブルクリックしてインストールします。
インストール完了したらインストール先へ行って「BioEdit.exe」をダブルクリックでソフトが起動しますんで、いよいよ本論に入ります。
描画のための準備
さて、勢いよくBioEditを起動しても手ぶらではマップは描けません。
必需品が最低１つ、それはプラスミドのDNA配列です。
市販のプラスミドのマップを描くなら販売元のウェブサイトとかで配列が入手できるかと思うので、それをそのまま使います。
そうではなくて、市販のベクターに自分のインサートを挿入したプラスミドであれば、入手したベクターのDNA配列に自分のインサートDNA配列を組み入れたDNA配列が必要です。
絵的に表現すれば、
・・・acgtcatgcagtcagctacagcta ・・・
となっているプラスミド配列に、自分のインサートを組み込んだ
・・・acgtcatgca [ インサートDNA配列 ] gtcagctacagcta ・・・
をメモ帳やBioEditの配列ページ なんかで作りましょう。
（正確にマップを描く必要がなければ、インサートはあまり気にせず市販のベクター配列だけで描くこともできますが）
ベクターのDNA配列の入手
販売元のサイトへ行ってください。
ってことですが、 とりあえず「Novagen」を例にとってみましょう。
Novagen のトップページにある検索ボックスに自分の使ってるベクターの名前を入れます。検索する種類は最初のまま「Product(keyword)」でいいです。
ここでは「pET-32a(+)」と入れてみましょう。
そしたら図のように、いくつかヒットしてくるのでこれらのうち「pET-32a(+) DNA」と書かれているリンクをクリックします。
んで、君の国名を選択したまえ、と言ってくるので正直に「JAPAN ! !」と言ってやりましょう。
続いて出てきたページ左にある、「pET-32a(+) Sequence」をクリック
次のページは、なんだか飾り気のない、文字だらけのページです。そのままページ一番下までいくと、DNA配列が現れてきます。これがpET-32a(+) の配列です。こいつを左クリック押しながら一番下まで選択してコピーしましょう。
コピーしたらメモ帳開いて貼り付け＆ファイルを保存。これでベクターの DNA配列が手に入りましたね。
では次はやっと、BioEditを使ってプラスミドマップを描いていきましょう。
配列の読み込み
BioEditを立ち上げたら、ベクターのDNA配列を読み込みましょう。
「File」→「open」→「ベクターの配列のファイル」
すると何か英語で忠告のようなことを言ってきますが、気にせず「Yes」をクリックします。
すると下の絵のような、何か黒色のウィンドウが現れますが気にせず消えるまで何もせずにしばらく待ちましょう。これが消えたらBioEditで配列が現れてきます。
では次に、読み込んだ配列からプラスミドの絵を描きましょう。
まず、BioEditの画面左の方に「C:\DOCUME~1\」と書いてあるのが見えるかと思います。
これは先ほど読み込んだファイル名を表していると思ってください。
この、ファイル名の所を１度クリックして黒くしてから、
「sequence」→「Nucleic Acid」→「Create Plasmid from Sequence」
の順に選択していきます。
すると何か英語で語りかけてきますが、「O.K.」をクリックしておきましょう。
そしたら下の絵のように、プラスミドの絵が描かれましたね。
でもこのままではただ輪っかがあるだけなので、これから手を加えて見栄え良くしていきましょう。
プラスミド名の変更
さて、どこから手を付けてもいいんですが、とりあえずプラスミドの名前を変更しておきましょうか。
１)「C:DOCUMENT・・・」と書いてある所をダブルクリック
2)小さなwindowが出てくるので、「text」の所の名前を目的の名前「pET-32a(+)」に書き換 えます
3)「Apply&Close」をクリック
遺伝子名の表示
マップ上に遺伝子の位置を絵的に表示します。
「vector」→「Add Feature」の順にクリックすると小さなwindowが出てきます。
「Feature Name」はその遺伝子の名前を記入
「Start」と「End」 には遺伝子が何残基目から何残基目までコードしているかを記入
「Type」は遺伝子の表示の仕方です。これは言うよりやってみる方がいい。
プルダウンをクリックすると４択を迫られるので、自分の好みで選んでください。
色づけも、実際やって好みの色を選択して下さい。
すべて終えたら「Apply&Close」をクリック
これの繰り返しで必要な分の遺伝子を表示していきましょう。
途中、一度表示させた遺伝子の位置や色を変更したい場合は、「Vector」→「Properties」
で、下図のような小さなwindowを出します。
「Feature」のプルダウンで変更したい遺伝子の名前を選んで「Modify」を押せば先ほどと同じ小windowが出るので、変更して「Apply&Close」です。
そうこうして遺伝子を表示させます。
今回は３つの遺伝子を表示させました。
制限酵素サイトの表示
今度は制限酵素サイトを表示させます。
「Vector」→「Restriction Sites」
で出てくる小windowに制限酵素が羅列してあるので、そのうちから表示させたい制限酵素を選択して「<<」をクリックしていきます。 んで選択し終えたら 「Apply&Close」するとマップに反映されます。 これでもう立派なプラスミドマップの出来上がりですね。
位置表示の消し方
最後に、何残基目なのかがちょくちょくマップに刻まれていますよね。 これがうっとおしくて消したい、という場合の消し方です。
「Vector」→「Positional Marks」 で出てくる小windowの左端、「Divide into」のプルダウンを「none」にします。
「show」の下に書いてある数字を選択して「>>」をクリックし、表示するリストから外してやります。
で、最期に 「Apply&Close」
これで終わり。
作ったプラスミドマップをWordとかに貼り付ける場合は、
「Edit」→「Copy Image As a Windows Enhanced Metafile」
でコピーできるので貼り付け先で「貼り付け」して下さい。
その後は必要に応じてトリミングや拡大等行って下さい。
そこで他に何か、うまいことプラスミドマップ書けるフリーソフトが無いもんかと探して見つけたのが「BioEdit」
操作性で若干難があってとっつきにくいけれど、それさえ気にしなかったらとても良い絵が描けるので気に入りました。
本当はDANやアミノ酸の配列アライメントとか系統樹作成に使うのが主らしく、プラスミドマップ作成はおまけ(?)的な感じらしい。
とりあえずBioEditを使って下のようなマップが描けました。
ただ、本来ダウンロード できるはずのページがリンク切れになっている（orつながりにくい）らしく、入手は困難かも？
僕は昔、あまり深く考えずにインストールしていたらしく、改めてダウンロードする必要なかったんですが。
公式ページ？http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
このページは僕が試した時はつながりませんでした。
で、とある記事にて見つけたURLだと入手できそうです。
http://ftp.knit.kagoshima-u.ac.jp/pub/Win/science/BioEdit/
そんなわけで入手できたら、今後のための覚書としてプラスミドマップの書き方を記していこうと思います。
ダウンロード＆起動
http://ftp.knit.kagoshima-u.ac.jp/pub/Win/science/BioEdit/
で「BioEdit_704.zip」をダウンロードして、圧縮ファイル「.zip」を解凍します。
解凍したら 「setup.exe」をダブルクリックしてインストールします。
インストール完了したらインストール先へ行って「BioEdit.exe」をダブルクリックでソフトが起動しますんで、いよいよ本論に入ります。
描画のための準備
さて、勢いよくBioEditを起動しても手ぶらではマップは描けません。
必需品が最低１つ、それはプラスミドのDNA配列です。
市販のプラスミドのマップを描くなら販売元のウェブサイトとかで配列が入手できるかと思うので、それをそのまま使います。
そうではなくて、市販のベクターに自分のインサートを挿入したプラスミドであれば、入手したベクターのDNA配列に自分のインサートDNA配列を組み入れたDNA配列が必要です。
絵的に表現すれば、
・・・acgtcatgcagtcagctacagcta ・・・
となっているプラスミド配列に、自分のインサートを組み込んだ
・・・acgtcatgca [ インサートDNA配列 ] gtcagctacagcta ・・・
をメモ帳やBioEditの配列ページ なんかで作りましょう。
（正確にマップを描く必要がなければ、インサートはあまり気にせず市販のベクター配列だけで描くこともできますが）
ベクターのDNA配列の入手
販売元のサイトへ行ってください。
ってことですが、 とりあえず「Novagen」を例にとってみましょう。
Novagen のトップページにある検索ボックスに自分の使ってるベクターの名前を入れます。検索する種類は最初のまま「Product(keyword)」でいいです。
ここでは「pET-32a(+)」と入れてみましょう。
そしたら図のように、いくつかヒットしてくるのでこれらのうち「pET-32a(+) DNA」と書かれているリンクをクリックします。
んで、君の国名を選択したまえ、と言ってくるので正直に「JAPAN ! !」と言ってやりましょう。
続いて出てきたページ左にある、「pET-32a(+) Sequence」をクリック
次のページは、なんだか飾り気のない、文字だらけのページです。そのままページ一番下までいくと、DNA配列が現れてきます。これがpET-32a(+) の配列です。こいつを左クリック押しながら一番下まで選択してコピーしましょう。
コピーしたらメモ帳開いて貼り付け＆ファイルを保存。これでベクターの DNA配列が手に入りましたね。
では次はやっと、BioEditを使ってプラスミドマップを描いていきましょう。
配列の読み込み
BioEditを立ち上げたら、ベクターのDNA配列を読み込みましょう。
「File」→「open」→「ベクターの配列のファイル」
すると何か英語で忠告のようなことを言ってきますが、気にせず「Yes」をクリックします。
すると下の絵のような、何か黒色のウィンドウが現れますが気にせず消えるまで何もせずにしばらく待ちましょう。これが消えたらBioEditで配列が現れてきます。
では次に、読み込んだ配列からプラスミドの絵を描きましょう。
まず、BioEditの画面左の方に「C:\DOCUME~1\」と書いてあるのが見えるかと思います。
これは先ほど読み込んだファイル名を表していると思ってください。
この、ファイル名の所を１度クリックして黒くしてから、
「sequence」→「Nucleic Acid」→「Create Plasmid from Sequence」
の順に選択していきます。
すると何か英語で語りかけてきますが、「O.K.」をクリックしておきましょう。
そしたら下の絵のように、プラスミドの絵が描かれましたね。
でもこのままではただ輪っかがあるだけなので、これから手を加えて見栄え良くしていきましょう。
プラスミド名の変更
さて、どこから手を付けてもいいんですが、とりあえずプラスミドの名前を変更しておきましょうか。
１)「C:DOCUMENT・・・」と書いてある所をダブルクリック
2)小さなwindowが出てくるので、「text」の所の名前を目的の名前「pET-32a(+)」に書き換 えます
3)「Apply&Close」をクリック
遺伝子名の表示
マップ上に遺伝子の位置を絵的に表示します。
「vector」→「Add Feature」の順にクリックすると小さなwindowが出てきます。
「Feature Name」はその遺伝子の名前を記入
「Start」と「End」 には遺伝子が何残基目から何残基目までコードしているかを記入
「Type」は遺伝子の表示の仕方です。これは言うよりやってみる方がいい。
プルダウンをクリックすると４択を迫られるので、自分の好みで選んでください。
色づけも、実際やって好みの色を選択して下さい。
すべて終えたら「Apply&Close」をクリック
これの繰り返しで必要な分の遺伝子を表示していきましょう。
途中、一度表示させた遺伝子の位置や色を変更したい場合は、「Vector」→「Properties」
で、下図のような小さなwindowを出します。
「Feature」のプルダウンで変更したい遺伝子の名前を選んで「Modify」を押せば先ほどと同じ小windowが出るので、変更して「Apply&Close」です。
そうこうして遺伝子を表示させます。
今回は３つの遺伝子を表示させました。
制限酵素サイトの表示
今度は制限酵素サイトを表示させます。
「Vector」→「Restriction Sites」
で出てくる小windowに制限酵素が羅列してあるので、そのうちから表示させたい制限酵素を選択して「<<」をクリックしていきます。 んで選択し終えたら 「Apply&Close」するとマップに反映されます。 これでもう立派なプラスミドマップの出来上がりですね。
位置表示の消し方
最後に、何残基目なのかがちょくちょくマップに刻まれていますよね。 これがうっとおしくて消したい、という場合の消し方です。
「Vector」→「Positional Marks」 で出てくる小windowの左端、「Divide into」のプルダウンを「none」にします。
「show」の下に書いてある数字を選択して「>>」をクリックし、表示するリストから外してやります。
で、最期に 「Apply&Close」
これで終わり。
作ったプラスミドマップをWordとかに貼り付ける場合は、
「Edit」→「Copy Image As a Windows Enhanced Metafile」
でコピーできるので貼り付け先で「貼り付け」して下さい。
その後は必要に応じてトリミングや拡大等行って下さい。
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