そこで他に何か、うまいことプラスミドマップ書けるフリーソフトが無いもんかと探して見つけたのが「BioEdit」
操作性で若干難があってとっつきにくいけれど、それさえ気にしなかったらとても良い絵が描けるので気に入りました。
本当はDANやアミノ酸の配列アライメントとか系統樹作成に使うのが主らしく、プラスミドマップ作成はおまけ(?)的な感じらしい。
とりあえずBioEditを使って下のようなマップが描けました。
ただ、本来ダウンロード できるはずのページがリンク切れになっている（orつながりにくい）らしく、入手は困難かも？
僕は昔、あまり深く考えずにインストールしていたらしく、改めてダウンロードする必要なかったんですが。
公式ページ？http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
このページは僕が試した時はつながりませんでした。
で、とある記事にて見つけたURLだと入手できそうです。
http://ftp.knit.kagoshima-u.ac.jp/pub/Win/science/BioEdit/
そんなわけで入手できたら、今後のための覚書としてプラスミドマップの書き方を記していこうと思います。
ダウンロード＆起動
http://ftp.knit.kagoshima-u.ac.jp/pub/Win/science/BioEdit/
で「BioEdit_704.zip」をダウンロードして、圧縮ファイル「.zip」を解凍します。
解凍したら 「setup.exe」をダブルクリックしてインストールします。
インストール完了したらインストール先へ行って「BioEdit.exe」をダブルクリックでソフトが起動しますんで、いよいよ本論に入ります。
描画のための準備
さて、勢いよくBioEditを起動しても手ぶらではマップは描けません。
必需品が最低１つ、それはプラスミドのDNA配列です。
市販のプラスミドのマップを描くなら販売元のウェブサイトとかで配列が入手できるかと思うので、それをそのまま使います。
そうではなくて、市販のベクターに自分のインサートを挿入したプラスミドであれば、入手したベクターのDNA配列に自分のインサートDNA配列を組み入れたDNA配列が必要です。
絵的に表現すれば、
・・・acgtcatgcagtcagctacagcta ・・・
となっているプラスミド配列に、自分のインサートを組み込んだ
・・・acgtcatgca [ インサートDNA配列 ] gtcagctacagcta ・・・
をメモ帳やBioEditの配列ページ なんかで作りましょう。
（正確にマップを描く必要がなければ、インサートはあまり気にせず市販のベクター配列だけで描くこともできますが）
ベクターのDNA配列の入手
販売元のサイトへ行ってください。
ってことですが、 とりあえず「Novagen」を例にとってみましょう。
Novagen のトップページにある検索ボックスに自分の使ってるベクターの名前を入れます。検索する種類は最初のまま「Product(keyword)」でいいです。
ここでは「pET-32a(+)」と入れてみましょう。
そしたら図のように、いくつかヒットしてくるのでこれらのうち「pET-32a(+) DNA」と書かれているリンクをクリックします。
んで、君の国名を選択したまえ、と言ってくるので正直に「JAPAN ! !」と言ってやりましょう。
続いて出てきたページ左にある、「pET-32a(+) Sequence」をクリック
次のページは、なんだか飾り気のない、文字だらけのページです。そのままページ一番下までいくと、DNA配列が現れてきます。これがpET-32a(+) の配列です。こいつを左クリック押しながら一番下まで選択してコピーしましょう。
コピーしたらメモ帳開いて貼り付け＆ファイルを保存。これでベクターの DNA配列が手に入りましたね。
では次はやっと、BioEditを使ってプラスミドマップを描いていきましょう。
配列の読み込み
BioEditを立ち上げたら、ベクターのDNA配列を読み込みましょう。
「File」→「open」→「ベクターの配列のファイル」
すると何か英語で忠告のようなことを言ってきますが、気にせず「Yes」をクリックします。
すると下の絵のような、何か黒色のウィンドウが現れますが気にせず消えるまで何もせずにしばらく待ちましょう。これが消えたらBioEditで配列が現れてきます。
では次に、読み込んだ配列からプラスミドの絵を描きましょう。
まず、BioEditの画面左の方に「C:\DOCUME~1\」と書いてあるのが見えるかと思います。
これは先ほど読み込んだファイル名を表していると思ってください。
この、ファイル名の所を１度クリックして黒くしてから、
「sequence」→「Nucleic Acid」→「Create Plasmid from Sequence」
の順に選択していきます。
すると何か英語で語りかけてきますが、「O.K.」をクリックしておきましょう。
そしたら下の絵のように、プラスミドの絵が描かれましたね。
でもこのままではただ輪っかがあるだけなので、これから手を加えて見栄え良くしていきましょう。
プラスミド名の変更
さて、どこから手を付けてもいいんですが、とりあえずプラスミドの名前を変更しておきましょうか。
１)「C:DOCUMENT・・・」と書いてある所をダブルクリック
2)小さなwindowが出てくるので、「text」の所の名前を目的の名前「pET-32a(+)」に書き換 えます
3)「Apply&Close」をクリック
遺伝子名の表示
マップ上に遺伝子の位置を絵的に表示します。
「vector」→「Add Feature」の順にクリックすると小さなwindowが出てきます。
「Feature Name」はその遺伝子の名前を記入
「Start」と「End」 には遺伝子が何残基目から何残基目までコードしているかを記入
「Type」は遺伝子の表示の仕方です。これは言うよりやってみる方がいい。
プルダウンをクリックすると４択を迫られるので、自分の好みで選んでください。
色づけも、実際やって好みの色を選択して下さい。
すべて終えたら「Apply&Close」をクリック
これの繰り返しで必要な分の遺伝子を表示していきましょう。
途中、一度表示させた遺伝子の位置や色を変更したい場合は、「Vector」→「Properties」
で、下図のような小さなwindowを出します。
「Feature」のプルダウンで変更したい遺伝子の名前を選んで「Modify」を押せば先ほどと同じ小windowが出るので、変更して「Apply&Close」です。
そうこうして遺伝子を表示させます。
今回は３つの遺伝子を表示させました。
制限酵素サイトの表示
今度は制限酵素サイトを表示させます。
「Vector」→「Restriction Sites」
で出てくる小windowに制限酵素が羅列してあるので、そのうちから表示させたい制限酵素を選択して「<<」をクリックしていきます。 んで選択し終えたら 「Apply&Close」するとマップに反映されます。 これでもう立派なプラスミドマップの出来上がりですね。
位置表示の消し方
最後に、何残基目なのかがちょくちょくマップに刻まれていますよね。 これがうっとおしくて消したい、という場合の消し方です。
「Vector」→「Positional Marks」 で出てくる小windowの左端、「Divide into」のプルダウンを「none」にします。
「show」の下に書いてある数字を選択して「>>」をクリックし、表示するリストから外してやります。
で、最期に 「Apply&Close」
これで終わり。
作ったプラスミドマップをWordとかに貼り付ける場合は、
「Edit」→「Copy Image As a Windows Enhanced Metafile」
でコピーできるので貼り付け先で「貼り付け」して下さい。
その後は必要に応じてトリミングや拡大等行って下さい。
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