2007年12月28日金曜日

youtubeやニコニコからflvファイルの保存→mp3変換

youtubeやニコニコから動画ファイルをflv形式で保存する方法と、
保存したflvファイルから音声だけをmp3として保存する方法のメモ。


・flv形式で保存
動画のあるページのアドレスをコピーしてここのページの指定された位置に貼り付けるだけ

・flvからmp3へ変換
保存したflvファイルをここのページの指定された位置に貼り付けるだけ


どちらもツールをインストールする必要なくて、各ページの指示どおりにすればいいので簡単便利。

時々flvファイルがうまく作れなかったりする・・・



ついでに、windows media player でflvファイルの動画を再生する方法。

デフォルトではwindows media player でflvファイルは再生できないのでちょっと手を加えてやんなきゃなんない。
やり方はここのページを参考に。

2007年12月23日日曜日

Google Page Creater

Googleがホームページ開設のためのツールを提供している。
http://pages.google.com/

ホームページビルダーのような、作成ソフトを必要とせずに
すべてWeb上でページを作れるってなもの。


で、使ってみました。


使いにくい・・・

・ 操作性がとても悪い(動作が遅い)
・ レイアウト(フレームの枠)設定が4パターンしかなくて、具体的に数値的に設定できない
・ ファイルのアップロードが1つずつしかできない

and so on...


とりあえず、こないだ書いた「BioEdit」と同じ内容をGoogle Pageでpublishしておきました。
http://bikokoji.googlepages.com/bioedit
というか、本当はこの「BioEdit」の記事はGoogle Pageで作ったのだけど
あまりにも使いにくくてイライラしたのでこちらのblogに載せたのでした。

で一日経ってイライラもおさまったので改めてちょっと手を加えてpublishしたのです。


今はまだ日本語版でサポートされていないようなので、今後の機能向上を期待します。

2007年12月22日土曜日

BioEdit

修論で、新たに構築したコンストラクトのプラスミドマップを書きたくてGeneticsを使ってみたけど、いまいち思い通りにできない・・・

そこで他に何か、うまいことプラスミドマップ書けるフリーソフトが無いもんかと探して見つけたのが「BioEdit」

操作性で若干難があってとっつきにくいけれど、それさえ気にしなかったらとても良い絵が描けるので気に入りました。

本当はDANやアミノ酸の配列アライメントとか系統樹作成に使うのが主らしく、プラスミドマップ作成はおまけ(?)的な感じらしい。

とりあえずBioEditを使って下のようなマップが描けました。



ただ、本来ダウンロード できるはずのページがリンク切れになっている(orつながりにくい)らしく、入手は困難かも?

僕は昔、あまり深く考えずにインストールしていたらしく、改めてダウンロードする必要なかったんですが。



公式ページ?http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

このページは僕が試した時はつながりませんでした。

で、とある記事にて見つけたURLだと入手できそうです。

http://ftp.knit.kagoshima-u.ac.jp/pub/Win/science/BioEdit/


そんなわけで入手できたら、今後のための覚書としてプラスミドマップの書き方を記していこうと思います。





ダウンロード&起動

http://ftp.knit.kagoshima-u.ac.jp/pub/Win/science/BioEdit/

で「BioEdit_704.zip」をダウンロードして、圧縮ファイル「.zip」を解凍します。

解凍したら 「setup.exe」をダブルクリックしてインストールします。

インストール完了したらインストール先へ行って「BioEdit.exe」をダブルクリックでソフトが起動しますんで、いよいよ本論に入ります。



描画のための準備

さて、勢いよくBioEditを起動しても手ぶらではマップは描けません。

必需品が最低1つ、それはプラスミドのDNA配列です。

市販のプラスミドのマップを描くなら販売元のウェブサイトとかで配列が入手できるかと思うので、それをそのまま使います。

そうではなくて、市販のベクターに自分のインサートを挿入したプラスミドであれば、入手したベクターのDNA配列に自分のインサートDNA配列を組み入れたDNA配列が必要です。

絵的に表現すれば、

・・・acgtcatgcagtcagctacagcta ・・・

となっているプラスミド配列に、自分のインサートを組み込んだ

・・・acgtcatgca [ インサートDNA配列 ] gtcagctacagcta ・・・

をメモ帳やBioEditの配列ページ なんかで作りましょう。

(正確にマップを描く必要がなければ、インサートはあまり気にせず市販のベクター配列だけで描くこともできますが)



ベクターのDNA配列の入手

販売元のサイトへ行ってください。

ってことですが、 とりあえず「Novagen」を例にとってみましょう。

Novagen のトップページにある検索ボックスに自分の使ってるベクターの名前を入れます。検索する種類は最初のまま「Product(keyword)」でいいです。

ここでは「pET-32a(+)」と入れてみましょう。



そしたら図のように、いくつかヒットしてくるのでこれらのうち「pET-32a(+) DNA」と書かれているリンクをクリックします。

んで、君の国名を選択したまえ、と言ってくるので正直に「JAPAN ! !」と言ってやりましょう。


続いて出てきたページ左にある、「pET-32a(+) Sequence」をクリック

次のページは、なんだか飾り気のない、文字だらけのページです。そのままページ一番下までいくと、DNA配列が現れてきます。これがpET-32a(+) の配列です。こいつを左クリック押しながら一番下まで選択してコピーしましょう。

コピーしたらメモ帳開いて貼り付け&ファイルを保存。これでベクターの DNA配列が手に入りましたね。

では次はやっと、BioEditを使ってプラスミドマップを描いていきましょう。


配列の読み込み


BioEditを立ち上げたら、ベクターのDNA配列を読み込みましょう。

「File」→「open」→「ベクターの配列のファイル」

すると何か英語で忠告のようなことを言ってきますが、気にせず「Yes」をクリックします。

すると下の絵のような、何か黒色のウィンドウが現れますが気にせず消えるまで何もせずにしばらく待ちましょう。これが消えたらBioEditで配列が現れてきます。


では次に、読み込んだ配列からプラスミドの絵を描きましょう。


まず、BioEditの画面左の方に「C:\DOCUME~1\」と書いてあるのが見えるかと思います。

これは先ほど読み込んだファイル名を表していると思ってください。

この、ファイル名の所を1度クリックして黒くしてから、

「sequence」→「Nucleic Acid」→「Create Plasmid from Sequence」

の順に選択していきます。

すると何か英語で語りかけてきますが、「O.K.」をクリックしておきましょう。

そしたら下の絵のように、プラスミドの絵が描かれましたね。



でもこのままではただ輪っかがあるだけなので、これから手を加えて見栄え良くしていきましょう。



プラスミド名の変更

さて、どこから手を付けてもいいんですが、とりあえずプラスミドの名前を変更しておきましょうか。

1)「C:DOCUMENT・・・」と書いてある所をダブルクリック

2)小さなwindowが出てくるので、「text」の所の名前を目的の名前「pET-32a(+)」に書き換 えます

3)「Apply&Close」をクリック



遺伝子名の表示

マップ上に遺伝子の位置を絵的に表示します。

「vector」→「Add Feature」の順にクリックすると小さなwindowが出てきます。

「Feature Name」はその遺伝子の名前を記入

「Start」と「End」 には遺伝子が何残基目から何残基目までコードしているかを記入

「Type」は遺伝子の表示の仕方です。これは言うよりやってみる方がいい。

プルダウンをクリックすると4択を迫られるので、自分の好みで選んでください。

色づけも、実際やって好みの色を選択して下さい。

すべて終えたら「Apply&Close」をクリック

これの繰り返しで必要な分の遺伝子を表示していきましょう。

途中、一度表示させた遺伝子の位置や色を変更したい場合は、「Vector」→「Properties」

で、下図のような小さなwindowを出します。

「Feature」のプルダウンで変更したい遺伝子の名前を選んで「Modify」を押せば先ほどと同じ小windowが出るので、変更して「Apply&Close」です。

そうこうして遺伝子を表示させます。

今回は3つの遺伝子を表示させました。




制限酵素サイトの表示


今度は制限酵素サイトを表示させます。

「Vector」→「Restriction Sites」

で出てくる小windowに制限酵素が羅列してあるので、そのうちから表示させたい制限酵素を選択して「<<」をクリックしていきます。 んで選択し終えたら 「Apply&Close」するとマップに反映されます。 これでもう立派なプラスミドマップの出来上がりですね。


位置表示の消し方


最後に、何残基目なのかがちょくちょくマップに刻まれていますよね。 これがうっとおしくて消したい、という場合の消し方です。

「Vector」→「Positional Marks」 で出てくる小windowの左端、「Divide into」のプルダウンを「none」にします。
「show」の下に書いてある数字を選択して「>>」をクリックし、表示するリストから外してやります。

で、最期に 「Apply&Close」





これで終わり。

作ったプラスミドマップをWordとかに貼り付ける場合は、
「Edit」→「Copy Image As a Windows Enhanced Metafile」
でコピーできるので貼り付け先で「貼り付け」して下さい。
その後は必要に応じてトリミングや拡大等行って下さい。

2007年12月6日木曜日

webブラウザ「Opera」

[Opera]IEとFirefox、どちらが安全? なんでOpera使わないの?

上のリンクを見て、初めてブラウザ「Opera」を使って見ました。
今もOperaでweb開いてこれ書いています。

で、気になった良い点・残念な点を書いてみようかと。


○良い点

・動作がとても速い!
 ページを開く時間が速いので待たされる時間が短い
 マウススクロールが速い(設定次第だろうけど 笑)

・現在閲覧していないタブにポインタを当ててちょっと待つと、そのタブで開いている画面が小さく表示される
 「プリントスクリーン」ボタンでその様子を撮って画像を添付しようと思ったのに、
 何かしらキーボードをいじると小画面が消えてここに例示できない・・・


○pH7.0なかんじ(良いとも悪いとも…)

・新しいタブを作成すると、Firefoxだと「タイトル無し」となって真っ白な画面が出るけど、
 Operaだと「スピードダイアル」でな画面になる。
 この画面上で、略式ブックマークみたいなことが出来るっぽい。
 9個のマス目に、あらかじめ登録したWebページのミニ画面が表示されて
 その画面をクリックするとそのWebページにリンクされる。
 
 これは、、、Operaを自分1人が使うならともかく、他人も使う場合なんとなく恥ずかしいような。
 リンクの名前じゃなくてリンク先の画面が表示されるんだしねぇ・・・
 別にやましいリンクがあるわけじゃないけど、なんとなく。


・ブラウザ画面の左端に「▲」マークがあって、これをクリックすると
 「ブックマーク」「ウィジェット」「メモ」「ダウンロード」「履歴」「リンク」のツールバー?が出てくる。
 ま、発想は悪くないんだと思うけど、横にツールバーのスペース作ると画面が小さくなるから僕としてはあまり好きじゃないんですよね。
 そんなわけで「±0」ってことで。



○残念な気分になる点

・ブックマークを開いた時に、必ずしも「新しいタブ」で開けない
 出来るっちゃあ出来るけど、ブックマークに登録してるリンク毎に「新しいタブで開く」と設定しなきゃならん。
 望んでるのは、「ブックマークは全て新しいタブで開く」という一括設定。
 本当は出来るのかもしれないけれど、パッと見、設定できる箇所を見つけられなかったので残念な気分。

・漢字変換
 文章書いてて一度変換し終えた、アンダーバーの無くなった文字を改めて選択して変換ボタンを押しても漢字変換されない。
 これはすごく残念。
 変換し損じるたびに消して書き直さなきゃならんやん。
 これはブラウザとPCの相性なのかもしれないけれど。

・対応していないWebページが結構ある
 グーグルドキュメントも対応してなくて編集できなかった・・・
 「stage6勝手にDB」で、ポインタ当てたらサムネイル表示されるはずの所が機能せず表示されなかった。
 がっかり・・・


今日はとりあえずこんなけ。
ちょくちょく使ってみて様子をみてみよう。

2007年11月5日月曜日

ショートカットキー ~随時更新~

●[Shift]+[F10] … 右クリックメニューを出す。

●Ctrl+F5 再読み込み

●F2 : 名前の変更
    マウスで名前を変更しようとすると、ダブルクリックにならないように
   ワンテンポ遅らしてから名前の部分をクリックする必要がありますが、
    F2 を使えば即座に変更できます。

●Alt+F4 アプリケーションの終了、

●Shift+スペース IMEのひらがな入力時に半角スペースを入れる

●Windows+DでWindowを全て隠す/戻す

●Ctrl+CapsLockで かな・ローマ字切り替え

●Ctrl+「+」 画面拡大

●Ctrl+「-」 画面縮小

●「Ctrl+W」 アクティブなウィンドウを閉じる

●Ctrl+「z」⇒戻る

●Ctrl+「A」 全て選択

●[Alt]+[Tab](ウィンドウの切り替え)

●Alt+Enter エクセルで、セル内で改行

2007年11月3日土曜日

Firefix bookmarkのロケーション

ごくたまに、Firefoxで登録したbookmarkをテキストとかでリストアップしたものを見たくなる時がある。
そんな時にbookmarkを保存しているフォルダの場所を探すんだけどよく忘れる。

ので、ここにその場所を記しておこう。

C:\Documents and Settings\(ログインオーナーの名前)\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\(ランダムな記号の羅列).default\bookmarkbackups

「Application Data」は隠しフォルダなので「全てのファイルとフォルダを表示」にしておく必要アリです。

仮想デスクトップ

仮想デスクトップはとても便利な機能かもしんない。

こないだ導入してみたのは「WinDeskWide」てゆうフリーソフト
窓の杜「WinDeskWide」

紹介ページ


ただ悲しい事に、今使ってるノートPCはスペックが弱いのとかなりの老齢なため
他の仮想デスクトップへの切り替えにちょっと時間がかかってしまう。
のと、そんなにたくさんウィンドウを立ち上げる状況だとその時点でPCが
ひーひー言うてしまう・・・

ので、今のPCじゃあ使いこなせないかも。

辞書に載っていない英単語の発音を調べる方法

辞書に載っていない英単語の発音を調べる方法
ウェブ上で記入した英文を合成音声で発音してくれるらしい。
とても便利そう。

「Yahoo!ステップアップ」英文を聴こう

2007年8月29日水曜日

Google Picasa ウェブアルバム(実践編)

さて、「Google Picasa ウェブアルバム」の使い方です。
あくまでも僕が1日未満で覚えたことなのでまわりくどかったり
無理解があるかもしれませんが、まあご愛嬌。


なにはともあれ、まずはGoogleのアカウントを取得しなければなりません。
ってことでGoogleにログインできるようにしましょう。


Fig. 1

よく見るGoogleの検索ページです(Fig. 1)
このページの上部に「ログイン」てのがあるのでここをクリック(1)
移動したページの下の方に「今すぐアカウントを作成」ってあるのでここをクリック(2)
その後、所定の手続きをふんでGoogleのアカウントを取得して下さい。

で、改めてそのアカウントでログイン。


Fig. 2

検索ページの上部にある「アカウント」をクリックして移動したページで、
「Picasa ウェブ アルバム」をクリック(3,4)



Fig. 3


Google Picasa ウェブ アルバムのトップページです(Fig. 3)
当然、初めて利用する時にはこのページには写真は載ってません。
このトップページには「アルバム」が表示されます。
ここでいう「アルバム」とは、PCのデータで言えば「フォルダ」に相当するもので、
「アルバム」の中にたくさんの写真を収納します。

まあ、百聞は一見にしかず、実際作業することで宙に浮いた不理解をお腹に落とし込めましょう。

ウェブアルバムのトップページ右上、「写真をアップロード」をクリックです(5)


Fig. 4

そしたらこんな↑ページが出てくるので(Fig. 4)、今から作る新しいアルバムのタイトル、日付、詳細、撮影場所を記入していきましょう。
一番下の「公開」「非公開」は結構重要です。

「公開」にするとどんな人でも写真が見れるようになってしまい、
「非公開」にすると自分で定めた特定の人にしか写真が見れないようになります。
見知らぬ人に見られたくない写真をそのアルバムに入れるなら「非公開」にしましょう。
「続行」をクリックするとFig. 5のページにいきます。



Fig. 5

ここではウェブにアップする写真を選択・アップロードします(Fig. 5)
「参照」をクリックしてアップしたい写真のファイルを選びます(6)
いっぺんで同時にアップできるのは最大5つまでです。
ちなみに、(A)に「Picasaを起動する」ってあるように、
フリーソフトのPicasaをインストールして使うと同時にアップロードできる写真の数が増えます。
ちょっとの作業で何十枚もアップできます。
当然、データの転送には枚数分時間かかりますけど、
逐一「参照」ボタンで一枚一枚選ぶ時間は削減できるってわけですね。

で、「アップロードを開始」をクリックしてしばらく待つと写真がウェブ上にアップされ、新しいアルバムが作られます。



Fig. 6


さて、これでFig.3のページに新しい写真が載ったアルバムが作られましたね。
Fig.3のページの写真をクリックするとFig.6のページに移ります。

ここではそのアルバム内にある個々の写真が一覧表示されます(8)
(9)の位置にある写真は、そのアルバムのジャケット写真みたいなものです。
「アルバムカバーを選択」って所でアルバム内の好みの写真を選べます。


さてさて、いよいよ僕が当初の目的としていた
「友人との写真の共有」のサービスの内容に入ります。

Fig. 6の(10)にある「アルバムを共有」をクリックするとFig. 7のページにきます。


Fig. 7


ここで写真を見てもらいたい友人のメールアドレスを記入し、メッセージも添えて送信します。
そしたら受け手側にアルバムのアドレスのリンクが入ったメールが届くので、
そのリンクをとんでもらいましょう。

するとFig. 8のようなページに移ります。



Fig. 8


ここで、受取手が「Picasa」をインストールしていたら(12)の「アルバムをダウンロード」をクリックして簡単に全ての写真をダウンロードできるのですが、Picasaを持っている人はなかなか少ないもんでしょう。
そんな方の場合は各写真をクリックしてもらってFig. 9のページに行ってもらいましょう。


Fig. 9

ここで(13)の「写真をダウンロード」って所をクリックすれば、今表示されている写真をダウンロードできます。



次に、写真の共有で別のやり方です。
先に紹介したやり方ではメルアドを知っている人にしか写真を見てもらうことができませんね。
次に紹介するやり方では自分のブログやホームページなどにリンクを貼り付けてそこからとんでいってもらい見てもらうというやり方です。
Fig. 6に戻ります。


Fig. 6

(11)の位置にある「このアルバムへのリンク」ってのをクリックすると
メールまたは IM にリンクを貼り付け」てのと
「HTML を貼り付けて Web サイトに埋め込む
てののアドレスが表れてきます。
これは名前の通り、ページの直リンクのアドレスと、HTML言語でサイト上に書きこむときの文字列が書いてあるのです。
これを目的に応じてコピペすれば、そのアルバムのページを閲覧してもらえるってことです。
こんなかんじに↓
test

HTMLを多少でも扱える人であれば、このアルバムへのリンクは画像ではなくて文字に対しても貼り付けることもできます。
こんなカンジに


さて、ここで注意しとかなきゃいかんことが1点。
前半で「公開」「非公開」という選択肢について簡単に説明しましたが、あの説明では実はちょっと不十分だったのです。
というのは、(11)の位置にある直リンクのアドレスとHTMLの文字列を使った場合、見知らぬ人も閲覧できてしまうからです。
つまりリンクを公の場にさらしてしまうと完全な「非公開」でなくなるってことですね。


じゃあ何がどう「非公開」なのか?
簡単に言えば、「Picasa ウェブ アルバム」を利用している人達が写真を検索できる対象にするかどうか。
Fig. 3の右上に「写真を検索」っていう検索バーがあることに気付いてましたでしょーか?
ここの検索の検索対象にするかどうかってのを「公開」「非公開」で選択するってなことなんですねー。



そんなわけで、絶対に特定の人にしか見られないようにするってんなら、
・ 設定は「非公開」
・ アルバムのリンクアドレスは特定の人にだけ教える
・ アドレスを教えた人に「他人には教えちゃダメ!」ってことを徹底してもらう
てなことが必要ですね。




てーなわけで、いかがだったでしょーか?
かなり長い文章となってしまいましたが、「Google Picasa ウェブアルバム(実践編)」でした。
もっと賢い使い方があったら教えて下さい。

2007年8月28日火曜日

Google Picasa ウェブアルバム

さっそく(まともな)投稿第一弾です。

こないだ友人達と遊びに行った時の写真を
一緒に行ったみんなと共有したいと思ってた今日この頃です。

普通にメールに添付して送信するのは、ファイルが1枚だけならともかく、
10枚以上になるとメールが重たすぎて大変なので無理ムリですね。


そこで、ウェブ上に写真をアップして各自で
ダウンロードしてもらえるWebサービスを探してました。
やー、やっぱ結構ありますね、いろんなサイトでいろんなパターンでのサービスが。


僕の個人的な価値観で「良い!」と思ったのは次の2つ。
1.「Google Picasa ウェブアルバム」
2.「Filebank」 



他にもYahoo!!とかGooとかで共有サービスあったんだけど、
それらは容量少なかったりしてイマイチと思いました。




「Filebank」の良い所は次の2点
・ 無料登録にも関わらず100GBを使える点
・ 登録してなくても「招待メール」を受け取った人なら、
 ファイルのダウンロードだけでなくアップロードも出来る点


逆に良くない点は
・ 使い方が分かりにくい

の一言に尽きます。

招待された人もファイルをアップできるのは非常に魅力的で、
むしろこの機能を持つサービスを探していたんですが、初めてFilebankを閲覧した人には普通にダウンロードすることでさえ難しくて時間がかかることでしょう。

なので人に
「データをアップ&ダウンロードして
などと気軽に言えません。

1度Filebankの使い方を知ってしまえばとても有用だと思うんですがね。
ついでにWindowsではIEしか対応してなくて、僕の使っているFirefoxではまともに扱えませんでした。
そーいった意味でも、まだまだ未熟なサービスといったところでしょうか。
(素人の僕が言うのも偉そうですが (^^; )




そんなわけで次に目についたのが
「Google Picasa ウェブアルバム」
です。

これはGoogleが提供している各種サービスのうちの1つです。
ネット上に写真のデータファイルを保存して他人に見せたりダウンロードしてもらったりできるというサービス。


このサービスの良い所は
・ なんつっても扱いやすい!
です。

もうひとがんばりほしい!てな点は
・ 招待された人もアップロードできるようにしてほしい
ってとこですね。
よくばりでしょーか?笑


まあ、僕はGoogleの各種サービスは気に入ってる方なのでひいき目に見てるかもしれませんけど。


さて、そんなわけでこの「Google Picasa ウェブアルバム」について次回から使い方を書いていきたいと思います。

初日のつづり

Googleにブログのサービスがあるってんで
ウッカリ手を出してしまいました。

mixiもやってるのでいまいち使い分けが思いつかないけど、
気が向いたらこっちも何か書いていこーかと思います。


HTMLで文章書けるのがちょっとおもしろいかもしれないなー
一応、ちょこっとHTMLかじったことあるのでね。